Jean-Marie Le Méné est le président de la Fondation Jérôme Lejeune, fondation scientifique et médicale, reconnue d’utilité publique, dont la mission est de poursuivre les travaux du Pr. Jérôme Lejeune dans le domaine de la recherche scientifique, des soins et de la défense de la vie.

Il est le premier financier de la recherche sur la trisomie 21 et le retard mental. 

Jean-Marie Le Méné a lancé le site Internet genethique.org qui offre, depuis dix ans, une revue de presse quotidienne et une newsletter mensuelle (en plusieurs langues).

En 2008, il est co-fondateur de Novus Sanguis, un consortium européen de recherche sur les cellules souches adultes et de sang de cordon auquel la fondation apporte son financement. L’expérience scientifique, médicale et éthique de la fondation a permis de créer un Master Jérôme Lejeune de bioéthique qui accueille, à la rentrée universitaire 2009, sa troisième promotion.

Reconnu comme un acteur du débat sur la bioéthique en France, il a été nommé membre de l'Académie pontificale pour la vie par le Pape Benoît XVI.